Od začiatku televízneho seriálu, Naruto mocenská štruktúra zostala väčšinou nezmenená. Shinobi v nich tvaroval energiu čakier a pomocou gest rúk ju nasmeroval do úderov ninjutsu a genjutsu.
Senjutsu pridal do rovnice prirodzenú environmentálnu energiu, hoci účinky Sage Mode neboli až také odlišné od toho, čo dokázala čakra. Vedecké nástroje ninja predstavené Borutom porušili tento vzorec a umožnili obyčajným občanom držať krok s konvenčnými shinobi do určitej miery, ale jeho najnovšia inovácia, Shinjutsu, hrozí, že ich úplne predbehne a pôvod tejto novej sily je chaotický.
Pôvod Shinjutsu možno vystopovať k božskej bytosti nazývanej Otsutsuki Shibai, podľa Amado Sanzu. Shibai počas svojho života dobre vykonával poverenie Otsutsuki. Vládol nad niekoľkými planétami a urobil zo všetkého existujúceho života, aby sa živil božským stromom. Shibai by cestoval do iného sveta a vykonal svoje nikdy nekončiace kozmické zničenie potom, čo zjedol ovocie, ktoré priniesol. Sila Shibai sa zvýšila na úroveň, ktorá bola blízka božskému po opakovaní tohto cyklu po nespočetné veky.
Shinjutsu je termín používaný na opis výnimočných schopností Shibai. Shinjutsu, na rozdiel od tradičného Ninjutsu, ktoré je obmedzené rezervou a odbornosťou shinobi v oblasti čakry, umožňovalo Shibai vykonávať nebeské skutky. Bez použitia ručných znakov by mohol ľahko prekonať aj toho najšikovnejšieho používateľa Ninjutsu. Pohybom dlane mohol ovládať energie vetra a mohol využiť Shinjutsu, aby si dal smiešne sily – niektoré, ktoré vôbec nesúviseli so schopnosťami, ktoré si fanúšikovia Naruta zvyčajne spájajú s čakrou. Podľa Amadovho pohľadu Shibai hľadal zbožštenie a obetoval svoje smrteľné telo, aby prebýval vo vyššej ríši.
„Smrť“ Shibai umožnila členom Kara zdieľať Shinjutsu. Shinjutsu, na rozdiel od Ninjutsu, sa nedá naučiť; namiesto toho musel mať človek nejakú časť Shibaiho DNA naštepenú, aby sa to prejavilo. To sa samozrejme vzťahuje len na tých, ktorí sú v blízkom kruhu Kary a na tých, ktorí by mohli slúžiť ako vzkriesené plavidlá opusteného Otsutsukiho. Okrem čiernych pásov Kódu, Daemonových schopností odrážať psychické poškodenie a Isshikiho prerušovacích kociek niektoré prípady Shinjutsu zahŕňajú karmu a odvodený Jutsus, ktorý používajú Boruto a Kawaki. Tieto zručnosti boli pôvodne Shibai, ale inštitúcia Kara ich kooptovala pre svoje vlastné účely.
Borutovo Shinjutsu nemožno primerane opísať ako jednoduché neobmedzené ninjutsu. Členovia Kara a Otsutsuki už predtým ukázali, ako môžu byť Shinjutsu zničení aj Naruto a Sasuke, dvaja najimpozantnejší praktizujúci klasického Ninjutsu. Genjutsu a Hyuga's Gentle Fist, ktorých cieľom je narušiť sieť čakier, sú neúčinné proti cvičencom Shinjutsu, pretože nepotrebujú čakru žiadnym spôsobom tvarovať ani s ňou manipulovať.
Ak by používanie počítača s účtom hosťa bolo ekvivalentom Ninjutsu, Shinjutsu by bolo ekvivalentom používania počítača s plnými administrátorskými právami. Amado povedal, že umenie tkania znakov a sústredenia čakry na využitie Ninjutsu je len slabou kópiou toho, čoho je Shinjutsu schopné a že stupeň sily Shibai Otsutsuki nemá obdoby. Tento vývoj je v súlade s čím séria Naruto už povedal o Ninjutsu a historických koreňoch čakier.
Shinobi tradične zdedili svoje zručnosti od Otsutsuki. Náhle odhalenie pôvodu a sily Shinjutsu zo strany Amado slúži len na zdôraznenie toho, ako degradovaný bol Ninshu zo Sage of Six Paths, a robí darebákov Boruto ešte nebezpečnejšími.
